宇宙世纪0123年3月，罗纳家族以铁假面和德雷尔·罗纳率领的“死亡先锋”部队突袭了新兴太空殖民地“边境IV”。联邦军的机动战士部队试图进行反击，但毫无胜算，只是徒增战火的蔓延。在城市中充斥着战火、混乱和无情的死亡的情况下，“边境IV”内学院学生西布克·阿诺和他的妹妹莉丝，与朋友们一起试图躲进掩体避难，逃离袭击。他们登上钢坦克R-44逃离战场，并最终成功逃离了殖民地，但同行的塞茜莉·菲亚乔特却被“死亡先锋”部队带走了。原来，塞茜莉的真实身份是麦兹亚·罗纳的失散孙女贝拉·罗纳。在被死亡先锋占领的“边境IV”，为了实现宇宙贵族主义而开始建立国家“宇宙巴比伦”，而塞茜莉则被推举为宇宙巴比伦的象征。
与此同时，西布克一行人到达了附近的殖民地“边境I”，并得到了在此驻留的地球联邦军的太空训练舰“太空方舟”的庇护。舰内有一艘正在维修中被命名为高达F91的机动战士。在妹妹莉丝的帮助下完成F91的整备后，西布克驾驶F91开始对进犯“边境I”的死亡先锋进行反击。而塞茜莉则驾驶着死亡先锋旗下专用机动战士，两者在战场上相遇。在成功劝服塞茜莉后，西布克带领众人冲出死亡先锋在“边境I”布下的重围并与塞茜莉联手成功击败死亡先锋的领导者铁假面。
