P.D.（Post Disaster）323年。在一次CGS（独立自治区的民间警备公司“克里塞保安公司”（简称：CGS），CGS收留穷苦无依的孤儿编入三号队，并强行施予“阿赖耶识系统植入手术”方便驾驭机动工兵。）特别承揽的护卫古荻莉亚的任务中，主角三日月·奥格斯和同伴遭受加拉尔霍恩（地球圈势力派遣的武装组织，负责摘除任何叛乱、危害地球圈利益的可能因子）袭击。遭到CGS一号对抛弃的三号队在领袖奥尔加·伊兹卡的领导下对以古荻莉亚为目标的加拉尔霍恩进行负隅顽抗。就在此时，三日月启动了以往在战争中使用过，长期以来藏在基地地底，当成电力来源使用的机动战士—“高达・巴巴托斯”。最终，三日月依赖“阿赖耶识”首次驾驶“高达・巴巴托斯”出色地击退来袭的加拉尔霍恩。随着加拉尔霍恩的撤退，一号队归还，三号队与一号队长年以来的对立矛盾即将爆发。就此，故事揭开序幕。
