宇宙移民与宇宙战争的历史——宇宙世纪（Universal Century）终结后，时光飞逝，人们迎来新的历史复兴世纪（R.C./Regild Century），并开始繁荣与和平的生活。
RC1014年，守护组织“中枢卫队”（其目的为保护连接地球和宇宙的轨道天梯“中枢塔”）候补生贝尔利・杰纳姆在初次飞行的时候遭到所属不明的MS“G-Self”攻击。贝尔利使用作业用MS“雷克汀”与其交战并成功捕获。然而“G-Self”的驾驶者，名为艾妲·雷哈顿的宇宙海贼少女却对贝尔利产生某种感觉，不满足特定条件便不会启动的“G-Self”亦对贝尔利产生某种反应。宇宙海贼和艾妲的目的、被“G-Self”选中的贝尔利的命运、令历史复兴世纪全体动摇的真相――这一切只不过是Reconguista的开始。
